「6年解けなかった構造があっさり」

 Folding@home でも利用出来ませんかね。

ITMedia に「6年解けなかった構造があっさり」──タンパク質の“形”を予測する「AlphaFold2」の衝撃　GitHubで公開、誰でも利用可能にという記事が。

タンパク質の折り畳み研究って、演算するのにすごく時間が掛かりますよね。
それが AI の力で相当変わるみたいですね。

タンパク質が複雑な立体構造になっているためだ。タンパク質のアミノ酸配列は折りたたまれ、立体的な構造を取る。この折りたたまれた構造を特定するには、数カ月から数年の時間がかかり、多額のコストもかかるという。これがタンパク質の研究のボトルネックになっており、「タンパク質折りたたみ問題」として50年以上、生物学の課題とされてきた。
ですよね。
コンピューター使っても時間が相当掛かり、
スパコン利用でもやはり時間が。
分散処理の Folding@home で PS3 がクライアントアプリ提供して過去に目覚ましい実績を上げた事も有りましたが、
それでもまだまだ沢山の配列が有るんですね。

記事に載っているタンパク質構造予測の精度を競うイベントのグラフ、
ALPHAFOLD と書かれているのってたしかに恐ろしいスコアですね。

ただし、AlphaFoldを利用するには428GBのファイルをダウンロードする必要があり、解凍後のファイル容量は2.2TBにもなるため、利用にはそれなりの保存容量や計算スペックを持ったPCが必要になる。
この性能を出すための容量と考えたらそうなるのかな？って感じの容量ですね。
ただ、最近のハイエンドマシンとかなら全然平気位のような気も。

GitHub 見てきましたが、GitHub にもダウンロードは 428GB で解答したら 2.2TB になるよ。って書いてますね。

これ、オープンソースで誰でもソースコードを見れたり、実行できたりするようになったので、
Folding@home でも利用出来るようになりませんかね。

PS3 がクライアント環境から外れたとは言え、
まだ分散処理に参加している PC は多くいるので、
タンパク質の折りたたみ問題をもっと進めれそうな気もするんですが。